Коренные изменения в политической жизни Б. ал-а. связаны с сельджукскими завоеваниями. В 1067 г. в город вступил первый сельджукский отряд во главе с хаджибом султана Алп-Арслана — Сау-Тегином. Алп-Арслан возвратил власть Хашимидам, убедившись в их лояльности Сельджукидам. Однако последующее развитие событий, в результате которых амир был в очередной раз смещен и власть разделили ширван-шах Фарибурз и правитель Аррана Фадл б. Шавур, вынудили султана укрепить свою власть. В ноябре 1071 г. в Б. ал-а. прибыл тюрок Йагма, гулам Алп-Арслана, и зачитал указ (маншур) о том, что он назначается «амиром от имени султана». Чтобы усилить контроль за городом, Йагма разрушил поперечную стену, что уже не раз случалось в истории Б. ал-а. После смерти Алп-Арслана в 1072 г. Йагма был отозван, но уже в декабре 1075 г. в Б. ал-а. прибыл посол Сельджукидов — некий гулам — с известием о том, что Малик-шах пожаловал город вместе со всеми его владениями хаджибу Сау-Тегину (в качестве военного лена).
1075 г. — начало третьего периода «сельджукской оккупации». В хутбе стали упоминать султана и Сау-Тегина. Углубляется тенденция «сельджукизации»: многочисленные памятники отразили активное проникновение тюркского этнического элемента в Б. ал-а., даже среди родовых имен дербентских правителей с середины ХII в. появляются тюркские имена.
Новые общественно-политические условия, возникшие в результате сельджукских завоеваний, привели к оживлению духовно-религиозной жизни на Кавказе. На рубеже XI—XII вв. дербентские авторы создали ряд важнейших по своей значимости богословских и исторических сочинений: «Райхан ал-хака’ик ва-бустан ад-дака’ик» Абу Бакра Мухаммада б. Мусы ад-Дарбанди, «Та’рих Баб ал-абваб ва-Ширван» (сокращенно Та’рих ал-Баб) Абу ‘Абдаллаха Маммуса б. ал-Хасана ал-Лакзи, «Дарбанд-нама» Абу Йа‘куба Йусуфа б. ал-Хусайна ал-Баби ал-Лакзи и др. Прямым следствием политики выдающегося сельджукского вазира Низам ал-Мулка, направленной, с одной стороны, на идеологическую поддержку деятельности шафи‘итов, аш‘аритов и суфиев, а с другой — на ослабление позиций ши‘итов, явилось изменение религиозно-политической ситуации в Б. ал-а. в пользу шафи‘итов.
Непрерывные походы вынудили Сау-Тегина передать управление сначала Хашимиду ал-Маймуну, а затем Аглабидам (когда их преимущественное влияние в Б. ал-а. стало для него очевидным). Согласно Та’рих ал-Баб, Хашимиды были у власти 215 лет: если считать с 869 г., то этот срок как раз и заканчивается на середине 80-х гг. ХI в.
Первым Аглабидом, назначенным Сау-Тегином управлять от своего имени Б. ал-а., стал ал-Муфарридж б. Халифа аз-За‘им (ум. в конце XI в.), давний cоперник Хашимидов. Он не мог именоваться амиром и довольствовался титулом аз-за‘им — «правитель». На первых порах полномочия Аглабидов ограничивались сбором налогов и подбором и назначением людей на различные должности в ал-Бабе, а также охраной северных рубежей города.
Продолжительная междоусобица, начавшаяся сразу после смерти Малик-шаха между его сыновьями, значительно ослабила позиции Сельджукидов на местах. Сау-Тегин, очевидно, был отозван новым султаном Борк-йаруком, что позволило ал-Муфарриджу передать бразды правления в Б. ал-а. своему сыну Халифе, который стал титуловаться амиром. Подвести фундамент под политические претензии Аглабидов ал-Муфарридж (или Халифа б. ал-Муфарридж) поручил Йусуфу ал-Лакзи — так была создана Дарбанд-нама, ныне широко известная в позднейшей редакции Мухаммада ал-Акташи. Неизвестно, правил ли сразу после Халифы его сын Мухаммад б. Халифа (ум. ок. 1159 г.), прозванный амиром Сайф ад-дином, либо между ними был Ибн аз-За‘им, который уже в конце XI в. возглавлял отряды, защищавшие город от нападений «неверующих». Вплоть до правления ал-Музаффара б. Мухаммада (ум. ок. 1170 г.) монеты дербентских амиров чеканили с именем не толькохалифа, но и сельджукского сюзерена (ас-султан ал-му‘аззам).
Династия Аглабидов была пресечена в 70-х гг. XII в., когда Б. ал-а. был отвоеван у мусульман объединенными силами русов, хазар и аланов, вошедших в город со стороны моря (как свидетельствуют источники, они прибыли на 70 кораблях). Это не первое появление русов в городе: известен их разрушительный поход Х в. Кроме того, в XI в. русы служили у дербентскихамиров в качестве телохранителей.
Последовавшие за этим события привели к потере ал-Бабом своей самостоятельности на десятки лет. Русы дошли до Ширвана, где они были разбиты ширван-шахом Ахситаном б. Манучихром с помощью его родственника, грузинского царя Георгия III (ум. в 1184 г.). Вероятно, уже тогда, преследуя северян, ширван-шахи подчинили Б. ал-а., как об этом сообщает ширванский поэт ал-Хакани. Из его оды, посвященной шахан— шаху, сыну и преемнику Ахситана, явствует, во-первых, что город все это время оставался в руках русов и их союзников, а во-вторых, ширванская аннексия ал-Баба не обошлась без политической поддержки грузинской царицы Тамары (1184—1213), распространившей свое влияние «от моря до моря».
В 1222-23 гг. у стен Б. ал-а. появились монгольские отряды, которые не стали тратить силы на осаду крепости и обошли город, хитростью заставив послов местного правителя Рашида показать им обходной путь: к этому времени Горная стена была уже местами разрушена. Источники называют Рашидаширван— шахом, однако в таблицах ширван-шахов сельджукской и монгольской эпох, составленных Е.А.Пахомовым на основании нумизматических материалов, такого имени нет; возможно, речь идет о родственнике или представителе ширван-шаха.
Б. ал-а. был осажден и захвачен монгольским войском под командованием Джебе и Субудая в 1239 г. Военно-оборонительный комплекс Дарпуш подвергся значительным разрушениям: были уничтожены многие укрепления (мечети сожжены, разрушены верхние части минаретов) и система сигнальных огней, верхние части крепостных башен с бойницами для стрельбы из лука были сровнены со стенами, разрушены зубцы и некоторые участки стен, в том числе и Горной стены.
Однако в том же году, гласит строительная надпись, в Цахуре был восстановлен минарет. В 1247 г. мечеть была восстановлена в Мишлеше, в том же году — ханака в Рутуле, чуть позже — минарет в Хиве.
В 1258 г. Халифат пал под ударами монголов Хулагу-хана, внука Чингиз-хана (Чингис-хан), и на его обломках образовалось государство Ильханов. Поначалу в Б. ал-а. фактически мало что изменилось: в нем продолжалось давнее соперничество местных династий и ширван-шахов, в котором последние все чаще одерживали верх. Превратившись в важнейший аванпост противостояния Ильханов Золотой Орде, город частично вернул свое утраченное значение. Мусульманские авторы еще долго не забывали арабское название города, однако это было лишь данью традиции. Монгольское завоевание открыло новую главу в многовековой истории Дербента, получил он и новое имя — Кахалка/Кахулга (монг. «Ворота»).